本日の日経金融新聞にも載ってましたが、日本監査役協会さんが、「内部統制システムに係る監査の実施基準」を出されました。

内部統制システムに係る監査の実施基準
http://www.kansa.or.jp/siryou/elibrary/el_001_070405.html
これ、いわゆる「日本版SOX法」の財務報告に係る内部統制とは必ずしも一致しないことにご注意。日本版SOX法のほうは、「財務報告に係る」部分中心になりますが、日本監査役協会版は、適法性や効率性をも含むより包括的なものになっています。
まじめに監査されてる会社であれば、概ねすでに行ってることがほとんどかとは思いますが、チェックリストとしてもこういうものがあると助かるかと思います。
一方、実施基準の対象としては、

本実施基準における「内部統制システム」は、監査役監査基準第21条第1項各号に定める体制をいう（第2条第1項第1号）。

とありますが、監査役監査基準第21条第1項というのは、

（内部統制システムに係る監査）
第21条
　監査役は、会社の取締役会決議に基づいて整備される次の体制（以下「内部統制システム」という）に関して、当該取締役会決議の内容並びに取締役が行う内部統制システムの整備状況を監視し検証しなければならない。
　一　取締役及び使用人の職務の執行が法令及び定款に適合することを確保するための体制
　二　取締役の職務の執行に係る情報の保存及び管理に関する体制
　三　損失の危険の管理に関する規程その他の体制
　四　取締役の職務の執行が効率的に行われることを確保するための体制
　五　会社並びにその親会社及び子会社から成る企業集団における業務の適正を確保するための体制
　六　第14条第2項に定める監査役監査の実効性を確保するための体制

のことですから、内部統制報告書の経営者の評価の対象となっている「監査役」自身の部分は（当然）含まれていないんでしょうね。（「第六号」に若干入っていると解されるでしょうか。）
（「財務報告に係る・・・」が出た際に、監査役の監査対象である取締役が監査役の働きっぷりを評価するとは何事か、という意見もあったようですので。）
（ご参考まで。）